Die Trennkost fordert, kohlenhydrathaltige Lebensmittel (Basenbildner) nicht mit eiweißhaltigen Lebensmitteln (Säurebildner) zu sich zu nehmen. So ist die Kombination von Brot und Käse ebenso wenig erlaubt, wie Nudeln mit Fleisch. Durch die getrennte Aufnahme der Nährstoffe soll eine übermäßige Säurebildung im Körper verhindert werden. Diese These der Übersäuerung ist wissenschaftlich nicht haltbar. Die Enzyme des Körpers können problemlos Kohlenhydrate und Eiweiß gleichzeitig spalten und aufnehmen.

Positiv an dieser Form der Ernährung ist der hohe Anteil an pflanzlichen und ballaststoffreichen Lebensmitteln und der geringe Fettgehalt. Durch die aufwendige und teilweise absurde Trennung der Lebensmittel werden Milchprodukte, teilweise Getreideprodukte, Fleisch und Fisch zu wenig verzehrt. Deshalb kann es zu Mangelzuständen an Jod, Eisen, Calcium, lebenswichtiger Fettsäuren und Eiweiß kommen. Die Deutsche Gesellschaft für Ernährung weist darauf hin, dass bei konsequenter Befolgung der Trennkost auf Dauer eine vollwertige Ernährung nur mit Einschränkungen möglich ist.